日本是亞洲大陸東部的群島國家。東臨太平洋，北瀕鄂霍茨克海，西隔日本海、朝鮮海峽、黃海、東海與俄羅斯、朝鮮、韓國、中國相望。日本列島由本州、北海道、四國、九州四個大島和3900多個小島組成，四個大島的合計面積約占全國總面積的96%。日本地域狹長，四面臨海，全國海岸線總長度約達3.4萬公里，東部瀕臨太平洋一側有許多天然港灣，很利于建設大型港口。日本是個多山之國，山地面積約占全國總面積的75%，其中一般山地和丘陵占65%，火山地和火山麓占10%。北灣山系的南灣山系縱橫貫穿四個大島，相匯于本州中部主要山脈有奧羽山脈、木曾山脈、赤石山脈、越后山脈、飛彈山脈、日高山脈、四國山地、九州山地等。富士山為全國第一高峰，是日本民族的象征，該山海拔3776米，山體呈圓錐體形，山頂終年積雪，四周有富士八峰。
日本是個多火山、多地震的國家。全國有大小火山200多座，約有45座活火山。地震十分頻繁，每年地震均多達1500次以上，日平均地震發生率在4次以上。由于火山眾多而形成大小2萬余處溫泉。
平原較少，只占全國總面積的25%，而耕地面積僅占12.9%，大部分布在河川下流和沿海地區，且狹小而零散。關東平原最大，新瀉平原土質最肥沃，后者被譽為“日本的糧倉”。
日本列島河流密布，共有河流上百條，主要有利根川、信濃川、石狩川、北上川、天鹽川、木曾川六大水系。其中信濃川最長，為367公里，而利根川流域面積最廣，達16840平方公里。湖泊較多，共有600多個，最大的是琵琶湖，面積為672公里，最深的是田澤湖，最深處達423.4米。
日本列島的氣候，屬于溫帶海洋性季風氣候。主要特征是終年比較溫和濕潤，夏季東海岸多雨，冬季日本海沿岸多雪，夏秋之交多臺風。年均降水量在1700～1800毫米左右。
日本礦產資源極端貧乏，現代大工業生產所需主要原料、燃料，絕大部分依賴進口。日本原材料和能源的對外依賴度為84%，其中鋁100%、鎳100%、磷100%、石油99.7%、天然氣94.5%、鐵礦石99.6%、鋁礬土100%、煤85.1%、鉛84.9%、鋅66.9%。日本是世界上第一資源能源進口大國。
日本的森林資源比較豐富。森林面積1987年為2526萬公頃，約占全國總面積的66.8%，是世界上森林覆蓋率最高的國家之一。木材蓄積量達27億立方米。森林主要以針葉林為主，櫻花為日本國花。
日本水產資源很豐富，漁業和水產養殖業十分發達。日本近海漁場是世界著名大漁場，魚的種類多達700余種，其中主要為沙丁魚、鱈魚、青花魚、霸魚、馬哈魚等。
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