澳門博物館座落于大炮臺上，這樣的選址再恰當不過了，因為葡萄牙人最早的落腳點就在那里，是城市的心臟。俯看內港的大炮臺山被耶穌會士選中，他們在那里興建了炮臺、神學院及教堂，俗稱"大三巴"。大炮臺的興建整整用了九年的時間，1617年動工，1626年竣工，1835年，在一次臺風中，因失火毀了神學院以及大炮臺的大部份建筑和教堂，只有教堂的前壁(俗稱牌坊)得以幸免。隨著時間的推移，圍墻內的地盤變成了氣象臺的駐地，亦成了市民和游客常到的公園，該地點還經常用來舉辦戶外慶?；顒?，
澳門音樂節的歌劇節目亦曾在那里演出。
澳門博物館的籌建工作于一九九五年四月正式開始運作，將大炮臺辟為博物館。而博物館工程亦于九六年九月動工，于九八年四月十八日建成啟用。建館工程包括兩部分：位于大炮臺的博物館展覽大樓及位于北面山丘的博物館行政大樓，總面積為2,800平方米，實際展覽面積約為2,100平方米，呈不規則四邊形。所有的
古城墻均被修復，大炮亦面目一新，原先的入口再次向公眾開放，還在該入口處附近設置了一家茶座和一間商店。游客可自大炮臺盡享澳門及其離島的美景。昔日的游客需徒步穿越院子和長長的石階才能到達炮臺的大門，由于在建造博物館時，進行了挖掘工程，所以今天的游客可從另一個有電動梯的入口，進入炮臺。在博物館前面的院子里有一個露天茶座供游客享用，一間商店，出售圖書和各種紀念品，還有在博物館內展出了本地藝術家譚勁制作的藝術品的石膏復制品。沿另一個電動梯子可到主入口處，這里矗立著一座殖民時期風格，乳黃色的穹拱，它跨越在大炮臺原來城墻之間。
博物館共分三層，其中首兩層位于炮臺地面之下，第三層側在炮臺上。
博物館行政大樓雖然位于炮臺外，但通過一條貫穿外墻，設有電動扶梯的隧道與博物館展廳相連。行政大樓設有行政及技術人員辦公室、博物館藏品倉庫、修復室、工場、計算機部，保安中心及演講廳等等。行政大樓總面積合共2,300平方米，其中包括有為市民及游客而設的禮品店及露天茶座。
博物館的展覽專題內容，大致上分三大部份，分別在館內三層展區展示。
澳門地區文明的原始 (第一層)：介紹本地區的起源，及新石器時期至十七世紀中葉，澳門這個重要國際(亞洲和歐洲)貿易商港的情況，這個時期亦是澳門的黃金期。
澳門民間藝術與傳統 (第二層)：展示通過當地文化衍生的不同題材，這為澳門的社會文化帶來了豐富獨特的一面，例如有：澳門的傳統節慶、日常生活、傳統手工藝及典型行業等。
澳門當代特色(第三層)：是博物館最后一層。主要介紹當代澳門的各方面；由本世紀初現時的長者亦可追溯回憶的時期起，至目前的各種社會狀況。而澳門前瞻將會是這層的最后一個展題
